Nitton år gammal erhöll Forsskål 1751 ett frikostigt
stipendium som medgav sju års universitetsstudier varav två i
utlandet. Han började studera naturalhistoria under Carl
Linnæus (von Linné). De snabba framstegen gjorde att han fick
dispens att inleda sina utlandsstudier redan efter två år och i
oktober 1753 skrevs han in vid universitetet i Göttingen, en för
tiden progressiv lärdomsmiljö.

Göttingen studerade Forsskål teologi, filosofi och orientalisk
filologi för den berömde Johann David Michaelis, professor i
filosofi och orientaliska språk. Studierna ledde fram till en
kandidatexamen i maj 1756 och i juni samma år blev Forsskål
doktor och magister på en avhandling som han själv författat,
vilket inte var någon självklarhet vid denna tid.

Avhandlingen – Dubia de principiis philosophiae
recentioris, ”Tvivel om den moderna filosofins principer” – var
en kritik mot grunderna i den inflytelserike filosofen Christian
Wolffs kunskapslära. Wolff hade hävdat att något inte kan både
vara och inte vara med argumentet att det som vi inte kan
betvivla måste vara sant. Men en subjektiv oförmåga att tvivla
kan inte vara bevis för att något existerar, menade Forsskål. Att
inte tvivla är i själva verket detsamma som att tro blint, men
säker kunskap är aldrig möjlig. Vad vi kan göra är att lita till
våra förnimmelser, sensus communis, vilket är att tro i en
forskande mening. Ett sådant förnuftsbaserat tvivel grundlade